Le XVIe siècle engage le christianisme dans une réforme, celle de Martin Luther, qui entraîne plusieurs autres mouvements, calviniste et zwinglien, entre autres. Elle enclenche une réaction catholique, la Contre-Réforme, et un rapport de force qui se traduira par les guerres de Religion. De nouveaux ordres apparaissent, la Compagnie de Jésus dès 1540, fer de lance de la réforme catholique, dissoute cependant en 1773 pour être rétablie en 1814. En 1542, la Sacrée Congrégation de l'Inquisition romaine et universelle (le Saint-Office) est créée par Paul III pour lutter contre les progrès du protestantisme. Organisme répressif, il ordonne l’exécution de Giordano Bruno (1600), condamne le système de Copernic (1616), organise le procès de Galilée (1632). Le protestantisme évoluera vers des formes puritaines et un évangélisme prosélyte qui s’épanouira, entre autres, en Amérique du Nord où il reste très actif, alors que le catholicisme s’implante davantage en Amérique latine. Aux marges de ces ensembles, des formes mystiques voient le jour, notamment en Espagne avec Thérèse d’Avila et Jean de la Croix. Moins toléré au XVIIe siècle, le quiétisme ou molinosisme est pourtant défendu par Fénelon, séduit par les idées de Madame Guyon (singulièrement proches du piétisme protestant). Le jansénisme ou augustinisme sera, quant à lui, déclaré hérétique. Malgré l’universalisme des Lumières et le progrès des sciences, le concile de Vatican I (1869-70) entérine des positions désuètes. Vatican II (1962-65) se montrera plus progressiste.
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